
Le fjord est une vallée glacière avec des marées pouvant atteindre 6 mètres. Le fjord du Saguenay se distingue par la diversité de sa faune et sa longueur. Il y a 100 km entre Chicoutimi et Tadoussac. L'Anse-Saint-Jean, où se situe Fjord en Kayak est le village à mi-chemin entre ces 2 municipalités.
Durant l'époque quaternaire (1,2 millions d'années) 4 glaciations se sont succédées et ont creusé la faille qui est maintenant la vallée glacière que l'on connaît. Ces transformations géologiques ont laissé des falaises jusqu'à 400 mètres, des plateaux et des montagnes escarpées qui créent un paysage unique. Le Fjord du Saguenay a une moyenne de 2 km de largeur et une profondeur de 270 mètres. À l'embouchure le long du village de Tadoussac se crée un verrou glacier d'une profondeur uniquement de 20 mètres ,qui permet une oxigénation complète de l'eau du fjord.
L'eau de surface est relativement douce et atteint en été jusqu'à 18 Celcius. L'eau douce qui allimente la surface du fjord prend sa source à partir d'une quarantaine de rivières et du Lac St-Jean (40 km de diamètre). Ce courant d'eau douce circule sur de l'eau de mer qui est beaucoup plus salée et froide tel que le courant arctique de 4 Celcius. Le fjord du Saguenay renferme donc un éco-système d'eau douce qui flotte sur un éco-système d'eau de mer.